A pesar de la idea generalizada de que la migraña es una enfermedad de la vida moderna, la realidad es que es tan antigua como el género humano. Nuestros ancestros pensaban que la cefalea era una especie de castigo por ofender a los dioses o que ocurría cuando los seres humano eran poseídos por espíritus malignos. A lo largo de la historia, los tratamientos se enfocaron a curar las causas que se creían probables; por ejemplo, en la antigüedad, se encaminaban a sacar los demonios del cuerpo, por lo que los primeros neurocirujanos trepanaban los cráneos para liberarlos, como lo evidencian los cráneos trepanados del siglo trece encontrado en Perú.
Hipócrates, al notar que el vómito mejoraba la cefalea, recetaba hierbas vomitivas. Los antiguos egipcios envolvían con lino la cabeza de quinees las sufrían y les colocaban un cocodrilo encima con la boca abierta para que se comiera a los dioses.
En el siglo XVII, Thomas Willis teorizó que el dolor se debía a la «hinchazón de los vasos sanguíneos en la cabeza». A finales del siglo XIX, un neurólogo inglés llamado Edward Liveing fue el primero en considerar que las cefaleas, al igual que las crisis convulsivas, eran «tormentas nerviosas» que afectaban los nervios de la cabeza más que a los vasos sanguíneos.
A peras de los avances tecnológicos, no existe todavía la cura mágica para las diversas cefaleas, y el mayor conocimiento alcanzado se relaciona con sus causas, fisiopatogenia y genética.
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